我国政府投资项目审计起步晚，成效不够明显，除此之外，当前政府投资建设项目审计存在的主要问题还有哪些呢?
1、对政府投资建设项目的审计多是事后审计，审计作用发挥不明显
目前开展的政府投资项目审计大多是事后某一方面的静态审计，所起的作用不够全面，主要起揭露和监督作用，对建设过程中已经造成的损失浪费，只能是“秋后算账”。
2、建设项目审计风险大，容易造成审计失职。
建设项目是庞大的系统工程，建设周期长、技术要求高、情况变化大，而审计机关的工作人员这些方面的专业知识严重不足，不能满足建设项目审计的要求，很容易导致审计失职和审计失败。
3、建设项目审计法律法规及制度不健全，给依法审计带来困难。
《中华人民共和国审计法》第二十二条规定：“审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，进行审计监督”。从审计机关成立以来，对这项审计工作的法律规定至今没有做出调整和明确，导致有的部门认为审计只能审建设项目的财务收支，其工程价款结算的真实性，审计机关没有职责涉及。在审计制度建设方面，投资审计与财务审计的许多不同的地方，但现阶段投资审计制度还是套用财务审计的那一套，包括审计程序、审计文书等方面，没有出台针对投资审计的制度，给投资审计操作带来困难。
4、建设项目监管部门多，存在职能交叉和重复监督现象。
如财政部门有投资评审中心、计划部门有重大项目稽查办参与项目审计，与审计机关的监督工作产生重复，形成了多头多重执法监督，造成了监督的混乱，也浪费了监督资源。
5、建设项目审计处理难，严重影响审计的权威。
《中华人民共和国审计法》《中华人民共和国审计法实施条例》《国家建设项目审计准则》等法律、法规对政府投资项目审计作了规定，但在实际审计过程中存在着无章可循的问题。如：超概算问题、超政府批复用地问题、建设项目没有招投标问题，按照审计署《建设项目审计处理暂行规定》等相关规定，只能建议有关主管部门处理。目前出现有关主管部门没有按照审计机关的要求进行处理，有的处理避重就轻等，直接影响了审计的权威。审计决定能否作为法院判决的依据问题，目前尚在不同的认识。有些法院在审理建设项目民事案件时，没有充分考虑审计决定的合法性和正确性，只凭甲乙双方签订的合同或协议作为依据，给建设项目审计带来了很多负面影响。
6、建设项目审计力量不足，与审计任务的矛盾突出。
我国投资审计起步晚，审计机关过去着重财政财务方面的审计，原有审计人员专业不对口，无法胜任建设项目审计的任务，加上财政预算执行、经济责任审计的任务繁重，更加重了审计力量缺口，投资审计任务和审计力量的矛盾日益突出。
