汤川学则是通过套成实的话知道了重治曾经在一家名叫‘有马发动机’的公司工作过，这家公司在汽车引擎方面算是一家顶级的制造厂，而重治当时在公司干得还挺不错。汤川学让草薙还有内海薰好好调查一下重治以及他们一家三口，于是草薙和内海薰又开始兵分两路，草薙去调查关于重治一家的关系，内海薰负责追查仙波的下落。通过调查，草薙发现重治曾独身一人住在东京的公司公寓里，工作地点却是在名古屋，重治和节子结婚以后因为工作的原因常常不在家，后来节子的朋友因为要长期外出又让节子帮忙照看房子，而成实的初中又离那个地方比较近，所以后来节子和成实索性搬到她朋友家去了。草薙通过成实的初中同学了解到了他们搬去的地方的大概位置，发现与三宅伸子遇害的位置十分相近。而内海薰也通过布膳施粥处的志愿者了解到了仙波之前经常来，过得很落魄，而且看起来身体状况不佳，并且发现冢原先生也同样找仙波找了很长的一段时间。
最后草薙和内海薰通过多方打听与推测，在一家专门负责为病人提供善终服务的医院里找到了仙波，脑癌晚期，而他的医药费一直是冢原先生在负责的。
所以整理下来故事的始末就是：虽然当初冢原先生逮捕了仙波，但是他一直觉得仙波不是犯人，是替人顶罪的，所以他一直耿耿于怀。在退休以后因为有了时间，他便一直在寻找仙波，希望可以得知事情的真相。而通过冢原先生的不断努力终于找到了仙波，并且一直照顾着仙波，仙波因感念冢原先生的恩情，告诉了他真相。其实成实是仙波的女儿，在三宅伸子死的前一夜他们两个曾在一起喝酒，他藏在钱包中节子抱着成实的照片被三宅伸子看到了，因为节子曾经也陪过酒所以三宅伸子认识节子。在三宅伸子的诱导下，仙波告诉了她真相，于是三宅伸子想通过这件事情敲诈节子，可是第二天她上门去的时候节子不在家，是成实开的门，三宅伸子刺激了成实说她不是她爸爸亲生的，到时候她爸爸知道了就会将她们扫地出门。成实想到曾经有一次父亲喝醉了回来打了母亲说朋友都笑他说成实和他长得不像。虽然后来重治酒醒之后道了歉并且再没说过这样的话，可是这件事情却在成实的心里留下了阴影，被三宅伸子一刺激，成实拿起菜刀追出去在公园里杀了她。第二天警方报道了以后，仙波看到了新闻感觉很不安，给节子打了电话，节子发现是成实杀的人之后很慌张，告诉了仙波，于是仙波让节子把菜刀拿给了他，他决定替成实顶罪。
冢原先生在知道了真相之后，决定去一趟玻璃浦，希望在仙波死之前能让他再见一面他用自己的人生守护的女儿。结果，在他和节子说话的时候被重治听到了，于是重治利用了恭平杀了冢原先生。重治说要带恭平放烟花，借口以防有流弹炸到屋内，所以把屋内所有的窗户都关上了，还让恭平爬上屋顶在烟囱上盖了层纸板。然后他再烧锅炉，给冢原先生下了安眠药，把他安排在了与地下烧锅炉的地方连接有裂缝的房间中，就这样让冢原先生因一氧化碳中毒而亡。事后他又把冢原先生的行李放到了没有裂缝的房间，并打算去警方自首说是因为房屋太旧，锅炉老化造成的意外。可是那天晚上，陪汤川学出去喝酒的节子被同去那家酒屋的环保社团的成实的朋友泽村开车送回了旅馆。泽村在听了重治的说辞以后，害怕因为旅馆老旧而出现的游客死亡事件会影响小镇的声誉，更加没有游客愿意来玻璃浦，于是他建议让重治夫妇把冢原先生的尸体扔到海岸边去伪装成意外死亡，并且他负责开车把尸体运了出去。
故事的结局就是，重治夫妇去警局自首，说这是一场因为旅馆年久失修而酿成的意外，可是警方在再现现场的实验上却一直未能成功。恭平在跟着汤川学学习了一系列的科学知识之后，意识到了冢原先生的死是因为自己爬上烟囱盖上的那一层纸板，但是那是辜负让他这么做的，他想不明白这究竟是怎么一回事，想要和汤川学说，而知道了一切的汤川学告诉恭平：
“这个世界上，有些谜是无法用现代科学来解释的。但是，随着科技的进步，迟早一天，那些谜也会被人们解开的。那么，科学是否有极限呢?如果有的话，那么这极限到底是从哪里来的呢?那就是人。人的大脑。比方说，在数学界里发现了新的理论时，要验证该理论是否正确，就必须要有数学家们来动手检验。然而，如今发现的理论开始变得越来越高精尖，如此一来，能够检验理论的数学家也就越来越少了。那么，如果该理论太过费解，其他人都无法理解的话，那又该怎么办呢?要让该理论会说科学的极限来源于人类的大脑。不管什么问题，都必然存在着答案。但是，答案却未必都是能够立刻导出的。这一点同样适用于人生。今后，或许你还会遇到许多无法得出答案的问题。为了寻求答案，很多时候你必须让自己长大。所以，人必须学习，努力，磨练自我。这次的事，我会和你一起带着问题思考下去，直到你得出答案的一天，请不要忘记，你的身边，还有其他的人陪伴着你。”
说实话看完以后，我觉得作者为了讲述这个中心思想而编织了一个太过可怕的故事。我不能理解文中的成实因为心中的那一点害怕就去杀人，而在杀了人之后竟然能接受素未谋面的亲生父亲替自己顶罪;更不能理解重治明明心中十分介意成实的身世却能一直隐忍不发，而在知道了冢原先生希望节子和成实去见仙波一面之后就想出了这么精密的杀人手法，不仅利用了自己的侄子，还假装很愧疚地把一场谋杀说成了意外。这样的人性让我觉得不寒而栗。我觉得，一个人利用别人的善良与信任才是最可怕的。
